La historia de Capurganá se remonta hacia finales del siglo XIX, cuando un no se había dado la separacion de Panamá, intrepidos pescadores de Bocachica, Tolú, Puerto Escondido y otros poblados en los departamentos de Cordoba y Bolivar se lanzaban al mar en busca de la tortuga Carey, cuya concha vendian luego en Cartagena para ser llevada al mercado exterior.
Al llegar a la costa occidental colombiana, la encontraron habitada por indígenas Kunas, gente muy pobre dedicada solo a la caza y a la pesca. Normalmente los viajes incluian quedarse en tierra hasta encontrar suficiente tortuga Carey que justificara la gran aventura, fue así como llegaron con sus mujeres e hijos y se asentaron en la bahía de La Miel, Sapzurro, Capurganá y el Aguacate.Mientras de daba el proceso del Carey y la Tagua (marfil vegetal) se empezaron a mejorar los cultivos de coco que de forma incipiente tenian los indígenas de la región, los cuales con la llegada de la inmigración blanca se fueron trasladando hacia las costas de San Blas.
En vista de las riquezas que ofrecia la zona en en poco tiempo crecieron los poblados y comenzó el comercio de Trueque con Cartagena con base en Sapzurro. De Cartagena llegaban las canoas a Vela cargadas de ron, azucar, café y jabon, todo esto era intercambiado por coco. Fue así como se desarrollaron grandes fincas como "La Diana" y "Plan Parejo", pero al "dios coco", como lo llamaron en la época no tardo en desaparecer, porque los cocoteros fueron invadidos por unas plagas que llamaron "Anillo rojo" y "Cucarrón torito", las cuales fueron minando lentamente las palmas que tenian mas de 30 años.
En los años 60's cuando un sacerdote misionero y piloto aventurero (Alcides Fernandez), llego a la zona buscando un buen lugar para reubicar a los desalojados de la violencia del interior del país. El padre decidio fundar un poblado al occidente de la desembocadura del rio Atrato, lo bautizo Balboa. Es así como llego hasta Capurganá y entusiasmó a los habitantes del poblado (unos 300), para que construyeran una pista de aterrizaje. Poco tiempo después llego el padre Alcider con las herramientas para realizar la tan esperada obra: 6 hachas, 6 palas y 3 pesos.
Al poco tiempo ya habían hecho un trecho de 450 metros de largo por 30 metros de ancho, donde el padre Alcides pudo aterrizar con su avioneta misionera. La pista no duro mucho en servicio, porque el pare se dedico a su objetivo principal que era fundar Balboa y recoger los desplazados de la violencia, mientras que la pista fue olvidada y de nuevo la invadio la selva.
Entre 1975 y 1976 llegaron a Capurganá una serie de personajes que se habían establecido en Uraba, vinculados al desarrollo y comercio bananero y encontraron allí (especialmente en la riqueza del mar) su principal centro de establecimiento, mas tarde llego el capitan Jorge Mario Uribe, quien motivo nuevamente a la poblacion para que reabrieran la pista y se creara la compañía Líneas Aereas de Uraba
Ante la belleza de este paraíso, el señor Jose Maria Palacio decidio abrir su finca en Capurganá y al poco tiempo fracasó…pero ante la apertura de la pista llama a sus hijos en Medellín y comienza con la idea de promover el turismo en la región. Luego nace el Hotel Las Cabañas, y a partir de allí se construyeron 20 cabañas de madera y paja para 2 y 3 personas, con baños comunales alumbrados con velas y un bellos estadero – restaurante, con la mas deliciosa comida basada en langostinos, langostas, caracoles y una gran variedad de pescados.
Con esta tenue promoción turística llegan a la zona una serie de personajes caracterizados por ser poetas y bohemios, estos encontraron el paraíso con sus elementos basicos: Paz y marihuana. Mas tarde nacen el Hotel Los Longos y la Hosteria Capurganá, pero estos terminan pronto y desaparecen rapidamente.
En 1981 cuando un grupo de habitantes de Capurganá decidio formar una junta pro – aeropuerto con el proposito de construir una pista para aviones bimotores de mayor capacidad que las avionetas simples de 5 pasajeros que hasta el momento habían servido. Así se comienzan a vincular nuevos inversionistas y se empieza a gestar lo que es el actual desarrollo turístico de Capurganá.
Nace el Hotel Calipso y para 1982 ya se tenia terminada la obra y ACES empieza a prestar servicio semanalmente, lo que marco el despegue definitivo. Al poco tiempo nace el Hotel Almar, luego el Hotel Centro Náutico y se da el desarrollo de alojamiento turístico de los nativos.
Otros hoteles que nacieron en los 90's fueron:
-Hotel Alcazar-
Hotel Punta Azul-
El Camping Capuragana-
Las docenas de cabañas particulares que la gente comenzó a construir
Capurganá,con sus 28°C y un paisaje privilegiado y lleno de encantos que atraen es hoy uno de los destinos mas interesantes del país. Es de anotar que este desarrollo se ha dado por iniciativa propia, el estado ha estado totalmente ausente en este proceso y solo a partir de 1994 empieza a mostrar algún interés, vinculandose al desarrollo de la infraestructura como la ampliación del acueducto, energia electrica, puestos de salud, etc.